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 - 9(39話〜42話)

39話「機界最強7原種」
 機界31原種の中でも最強の力を持つ7体の原種が活動を開始した。7隻の各国軍艦と融合し、原種艦隊となってオービットベースを包囲してきたのだ。原種たちの狙いは、GGGの有する原種核の奪取とGGGの殲滅。そしてギャレオンとキングジェイダーの抹殺であった。原種たちはそれぞれの特殊能力を駆使して、オービットベースへと侵入する。激戦の最中、宇宙空間に放り出された凱を救ったのは、またしても謎の少女だった。戦線復帰し原種に立ち向かう凱の前に現れたのは、腕原種との因縁浅からぬソルダートJ。ソルダートJと腕原種は激戦を繰り広げるが、ついにメインオーダールームは7原種に占拠されてしまう。
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40話「星の子供たち」
 護が放つGパワーに圧倒された原種たちは、メインオーダールームから退却する。そして、捕らわれた華たちの存在を感知した護は、ギャレオンとともに救出に向かった。だが、そこには腸原種が待ちかまえており戒道も現れる。腸原種の言葉から、護は自分が地球人ではなく、カインの息子ラティオである事実を知ってしまう。そして戒道幾巳もまた、護を元に作られた生体兵器アルマだったのだ。地球での育ての母と融合した腸原種を前に、動揺する戒道は腸原種に捕らわれてしまう。一方、オービットベースのゾンダーメタルプラント化に失敗した原種たちは、ふたたび戦艦に融合した。GGGは艦隊戦で反撃すべく出撃する。
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41話「遙かなる凱歌」
 原種艦隊に対して、GGGはティビジョンフリートで艦隊戦を挑む。戒道を人質に取られているソルダートJも、超弩級戦艦ジェイアークでこれを援護する。激しい戦闘の中、ジェイライダーが肝臓原種を倒し、護がこれを浄解する。再生能力を失った残りの原種たちは融合して、巨大な合体原種となった。六種類の能力の集中攻撃に苦戦するガオガイガー。しかし、三人の謎の少女からヒントをえた凱は、ガトリングドライバーで歪めた空間を重カレンズとして利用し、ソリタリーウェーブを集中させて合体原種を倒す。戒道も救出されるが、回収された原種核の中に腸原種と腕原種の姿はなかった。
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42話「太古からの帰還」
 巨大隕石をESウィンドウの彼方へと押し戻し姿を消した超竜神が、6500万年前の地層から発掘された。機体こそ劣化していたが、眠り続けてはいるものの、そのAIとGSライドは未知のエネルギーに守られており無事であった。その頃、ゾンダークリスタルをめぐって対立していたガオガイガーとキングジェイダーは共に原種の罠に落ちて動きがとれなくなってしまう。風龍と雷龍がエジプトに現れた腕原種の迎撃のために出撃するが、今度は腸原種がメキシコに出現する。ガオガイガーが動けない今、風龍と雷龍は無理を承知で二手に分かれ、単身で原種たちに戦いを挑む。護は風龍と雷龍の危機を、眠ったままの超竜神に訴える。その時、奇跡は起こった!
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